Айтмагамбетов М.Т. имеет степень кандидата медицинских наук, закончил второй Московский медицинский институт имени Н.И. Пирогова (ныне Российский Государственный Медицинский Университет) по специальности Медицинская Биофизика. Там же подготовил и защитил кандидатскую диссертацию. Занимался научной работой на базе Республиканского Центра Охраны здоровья матери и ребенка МЗ РК, Алматы. С 1995 года работает в международных проектах, связанных с реализацией и внедрением социальных инициатив в регионе Центральной Азии, развитием гражданского общества, формированием лидерского потенциала некоммерческого сектора. В 2006 году работал в Афганистане директором по тренингам и организационному развитию международного проекта, связанного с усилением потенциала местных некоммерческих организаций. С 2007 по 2011 год возглавлял Фонд Ержана Татишева. С 2014 года работает директором Частного благотворительного Фонда Булата Утемуратова «Асыл Мирас».